忍者学校（アカデミー）を卒業したボルトたちは、忍者の見習い"下忍"になった。これからは三人一組（スリーマンセル）のチームとなって、数々の任務をこなしていく毎日が始まる！　のだが…。
　ボルトたち第七班や同期の忍たちは、忍者の仕事の意味やチームワークを学び、忍として成長していく。